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TimeMachineのバックアップを通常のファイルと同様に削除するのはあまりよくありません。
思わぬエラーを被る前に正しいバックアップの削除方法を確認しましょう。

TimeMachineのバックアップデータを削除する方法はいくつかありどのように削除するかによって方法が違います。
今回はTimeMachineアプリ・ディスクユーティリティアプリ・ターミナルアプリから行う方法を説明します。

TimeMachineから日付・フォルダを指定して削除

TimeMachineから削除するには上部メニューバーのMac-TimeMachineメニューバーアイコン アイコンを選択し、「TimeMachineに入る」を選択します。

Mac-TimeMachineに入る

 メニューバーにTimeMachineのアイコンが無い場合は「システム環境設定」➡︎「TimeMachine」を開き、下部にある「TimeMachineをメニューバーに表示」にチェックを入れてください。

Mac-TimeMachineメニューバーにアイコンを表示

TimeMachineからは指定日のバックアップを削除と指定フォルダ・ファイルのみ全日付バックアップから削除ができます。

指定日付のバックアップを削除

TimeMachineに入って削除したい日付に移動します。日付の移動はフォルダウィンドウ右側の「⬆︎⬇︎」ボタン・右側にあるバーから日付を選択・過去のフォルダウィンドウを直接クリックする事で行えます。

Mac-TimeMachine日時を移動

削除したい日のバックアップを選び、ウィンドウ上部のMac-歯車アイコンアイコンを選択します。

表示されたメニューから「バックアップを削除」を選択します。

Mac-TimeMachineバックアップを日時指定で削除

確認とパスワード入力のダイアログが表示されます。

 パスワード入力後は削除した日付のバックアップは復元不可能になるのでご注意ください。

Mac-TimeMachineバックアップ削除確認ダイアログ

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指定フォルダ・ファイルのみを全日付バックアップから削除

TimeMachineから指定フォルダ・ファイルのみ全日付バックアップから削除することもできます。
TimeMachineに入っている状態で該当フォルダ・ファイルで右クリックします。

Mac-TimeMachine指定したフォルダ・ファイルを全日付バックアップから削除

メニューから「"フォルダ・ファイル名"のすべてのバックアップを削除」を選択し、削除選択後、同様に確認とパスワード入力のダイアログが表示されるので、入力後削除完了です。

 削除したフォルダ・ファイルは全部のバックアップから削除されるのでご注意ください。

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ディスクユーティリティから全削除

TimeMachineからの削除方法だと個別にバックアップを削除することしかできないので、全てのバックアップが必要ない場合は手間になります。

そういう時はディスクユーティリティからフォーマットを行うことでサクッと全削除が行えます。
ディスクユーティリティの場所は「アプリケーション」➡︎「ユーティリティ」➡︎「ディスクユーティリティ」となります。

ディスクユーティリティを起動したらフォーマットをしたいHDDを選択して上部の「消去」を選択します。

Mac-ディスクユーティリティからバックアップを全削除

「消去」を選択すると、「"HDD名"を消去しますか?」をメッセージが表示されます。フォーマット後のHDDの名前を変更したい場合はここで入力します。

名前の次にフォーマットを選択します。種類がとても多いのでよくわからない場合は「オリジナルゲーム.com」さんがとてもわかりやすく説明しています。

参照Macの外付けSSDやHDDをフォーマットする方法。【2018年版】

Mac-ディスクユーティリティフォーマット

 ⬆︎の画面で「消去」を選択すると、HDDのフォーマットが開始されるので必要なバックアップは退避するなどして、間違っても必要なバックアップを削除しないようにご注意ください。

かなりサクッと全部のバックアップが削除できます。
また、セキュリティオプションからファイルを復元できないように削除することもできますが、よっぽどのことでない限りデフォルトで大丈夫だと思います。(削除にとても時間がかかります)

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ターミナルからバックアップファイルを指定して削除

ターミナルからも専用のコマンドで削除することができます。ターミナルをよく使用する場合はこちらの方が使いやすいかもしれません。
またこの方法の場合はコンピュータ毎で削除することもできるので、Macを購入して過去の機種のバックアップが不要になった時とかはまとめて削除できるので便利ですね。

ターミナルがよくわからない場合は⬇︎の記事で基本情報をまとめていますのでよければご覧ください。

バックアップや場所を確認したい場合は以下のコマンドを入力します。

バックアップ名・場所を確認

tmutil machinedirectory

Mac-ターミナルでバックアップ名・場所を確認

バックアップのコンピュータを削除したい場合は以下のコマンドを入力します。

コンピュータ毎で削除

sudo tmutil delete /Volumes/接続しているデバイス名/Backups.backupdb/自分のコンピュータ名

バックアップの日付ファイル毎で削除したい場合は以下のコマンドを入力します。

日付ファイル毎で削除

sudo tmutil delete /Volumes/接続しているデバイス名/Backups.backupdb/自分のコンピュータ名/YYYY-MM-DD-HHMMSS

日付ファイル毎の削除はTimeMachineでも行えますが、ターミナルを使用したい場合はこちらでも可能です。
この「tmutil」コマンドは他にも機能があるので時間ができたら後日詳細をまとめたいと考えています。

それぞれの方法によっての削除できる箇所の違いは以下のようになります。

削除方法 削除できるファイル
TimeMachine 日付毎のバックアップ
バックアップ内の指定フォルダ・ファイル
ディスクユーティリティ 全てのバックアップ
ターミナル コンピュータ毎のバックアップ
日付毎のバックアップ

以上になります。それぞれの削除方法で微妙に削除できる箇所が違っているので、自分の状況に合った方法でバックアップを削除していきたいですね。

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