Finderには全てのファイルが表示されているわけではありません。
あまり必要になることはないかもしれませんが、確認したい時や設定を変更する時はお試しください。

ターミナルでコマンド入力

ターミナル.appを起動して以下のコマンドを入力します。

$ defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles true

上のコマンドでFinderの設定を変更後、killallコマンドでFinderを再起動します。

$ killall Finder

これでFinderに不可視ファイルが表示されるのが確認できるかと思います。

このように普段見られない「usr」ファイル等が視認できます。
不可視ファイル表示状態を解除する時はコマンドの語尾を「true」から「false」に変えて入力して、同じようにFinderを再起動すれば元の状態に戻ります。

macOS Sierra以降ではショートカットで不可視ファイル表示の切り替えが可能

OSがSierraではショートカットが有効になっています。

⌘ command + ⇧ shift + .

⬆︎のショートカットキーで表示/非表示の切り替えが可能です。

ターミナルの基本的な情報はこちらのページを確認してみてください。

Macターミナルの覚えておきたいショートカット・コマンドまとめ