Finderには全てのファイルが表示されているわけではありません。
あまり必要になることはないかもしれませんが、確認したい時や設定を変更する時はお試しください。

ターミナルでコマンド入力

ターミナル.appを起動して以下のコマンドを入力します。

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles true

上のコマンドでFinderの設定を変更後、killallコマンドでFinderを再起動します。

killall Finder

これでFinderに不可視ファイルが表示されるのが確認できるかと思います。

このように普段見られない「usr」ファイル等が視認できます。
不可視ファイル表示状態を解除する時はコマンドの語尾を「true」から「false」に変えて入力して、同じようにFinderを再起動すれば元の状態に戻ります。

macOS Sierra以降ではショートカットで不可視ファイル表示の切り替えが可能

OSがSierraではショートカットが有効になっています。

⌘ command + ⇧ shift + .

⬆︎のショートカットキーで表示/非表示の切り替えが可能です。
わざわざコマンドを入力する必要がなくなったので便利になりました。

それでもターミナルでできることは沢山あると思いますので基本的な情報を知りたい時は下のページを確認してみてください。

Macターミナルの覚えておきたいショートカット・コマンドまとめ